Το Mei no Naisho περιστρέφεται γύρω από τη ζωή του τίτλου τίτλου Mei Haruna, ενός πανηγύριου νεαρού αγοριού που μεγάλωσε από τη μάγισσα μητέρα του ως κορίτσι και πάντα θεωρούσε τον εαυτό του ως γυναίκα. Η μητέρα του ήταν η μόνη οικογένεια που είχε, οπότε μετά το θάνατό του, μεταφέρεται σε γυμνάσιο για όλα τα κορίτσια και έρχεται να διαμείνει στον κοιτώνα του σχολείου με τη γνωστή οικεία γάτα του Άμπελ και τη συγκάτοικο του Φουούκα Χόντζου, που είναι επίσης μέλος η επιτροπή δημόσιας ηθικής. Λίγο μετά την άφιξή του στο σχολείο, οι νέοι του φίλοι ανακαλύπτουν μετά από μια μαγική παράσταση στο λουτρό της κοιτώνας ότι είναι στην πραγματικότητα άντρας, αν και αυτό τον κάνει πολύ σοκαριστικό, παρόλο που γνώριζε τις φυσικές διαφορές μεταξύ του και των φυσιολογικών κοριτσιών. Παρά τον εντοπισμό του, και μετά από κάποια χρήσιμη παρέμβαση του διεστραμμένου προέδρου του μαθητικού συμβουλίου, ο διευθυντής του σχολείου αποφασίζει ότι μπορεί να παραμείνει στο σχολείο. Την επόμενη μέρα, η Μέι έρχεται στο σχολείο με τη Φουούκα και ζητά συγγνώμη για την απόκρυψη του γεγονότος ότι ήταν μάγισσα και ενημερώνει τους άλλους πώς είναι προφανώς άνδρας. Οι άλλοι μαθητές τον δέχονται γρήγορα ως δικό τους, και εντυπωσιάζονται για το πώς μπορεί να χρησιμοποιήσει τη μαγεία.
